مرور کلی

آزمایش سرطان ریه 20 ژن NGS از توالی تولید بالا برای بررسی بیست ژن مرتبط با سرطان در یک آزمایش استفاده می کند، که به شناسایی تغییرات که درمان هدفمند را هدایت می کند کمک می کند.پشت گزارش یک روند کار چند مرحله ای وجود دارد که یک نمونه کوچک تومور را به یک لیست متغیر قابل تفسیر تبدیل می کنداین مقاله مکانیسم مولکولی این جریان کار را بدون اغراق به نتایج بالینی بررسی می کند، بنابراین تیم های تهیه و آزمایشگاه درک می کنند که نتیجه واقعاً به چه چیزی بستگی دارد.ارزیابی هر مرحله به افراد غیر متخصص کمک می کند تا گزارش را با مسئولیت تفسیر کنند، زیرا لیست نهایی گزینه تنها به اندازه مراحل استخراج، کتابخانه و تراز قبل از آن قابل اعتماد است؛ورودی ضعیف در هر نقطه واحد به خروجی نامشخص گسترش می یابد که می تواند درمان را گمراه کند و مراقبت مناسب را به تاخیر بیندازد..

از نمونه به کتابخانه آماده توالی

DNA یا RNA تومور از نمونه دریافت شده استخراج می شود و کیفیت آن ارزیابی می شود. قطعات به آداپتورهای خاص سیستم عامل متصل می شوند و تقویت یک کتابخانه آماده توالی ایجاد می کند.برای سرطان ریه، پانل برای ژن هایی مانند EGFR، ALK، ROS1، BRAF و KRAS غنی شده است.بنابراین آماده سازی کتابخانه تمرکز می کند بر روی مناطقی که به احتمال زیاد تغییرات قابل اجرا را در حالی که محدود کردن پوشش هدر رفته در توالی غیر مرتبط.

توالی با سنتز و تراز خواندن

سیستم عامل های مدرن میلیون ها قطعه کوتاه را از طریق توالی توسط سنتز می خوانند و ترتیب نوکلئوتیدها را به عنوان سیگنال های فلورسنت ثبت می کنند.سپس بیو اینفورماتیک این مقادیر را با یک ژنوم مرجع هماهنگ می کند، مقایسه تومور با تومور نرمال برای تشخیص تغییرات واقعی از سر و صدای پس زمینه. عمق پوشش تعیین می کند که چگونه به طور مطمئن انواع نادر نامیده می شوند،و علامت گذاری تکراری کمک می کند تا آثار تقویت کننده را قبل از تفسیر حذف کنید.

فراخوانی و تفسیر متغیر

پس از تراز، خط لوله جایگزین شدن ها، ورودی ها یا حذف های کوچک و تعداد کپی ها یا رویدادهای همجوشی را شناسایی می کند. هر یافته با اهمیت شناخته شده طبقه بندی می شود،و تغییرات اهمیت ناشناخته از کسانی که با درمان یا مطالعات مرتبط هستند، جدا می شوند.گزارش نهایی، خواندن مولکولی را به یک لیست مختصر تبدیل می کند که تیم مراقبت می تواند بر اساس آن عمل کند، با یک یادداشت واضح برای اعتماد به نفس برای هر گونه تماس گرفته شده.

سوالات عمومی

س: این 20 ژن در واقع چه چیزی را اندازه گیری می کنند؟ج: این دوتا 20 ژن مرتبط با سرطان را به دنبال می کنند تا جایگزین ها، اندل ها، تغییرات کپی و همجوشی های مرتبط با درمان سرطان ریه را پیدا کنند.

س: چرا عمق پوشش مهم است؟ج: عمق بالاتر باعث افزایش اطمینان در تشخیص انواع فرکانس پایین می شود و تماس های غلط ناشی از سر و صدای توالی را کاهش می دهد.

س: آیا همه انواع تشخیص داده شده از نظر بالینی قابل استفاده هستند؟پاسخ: نه. بسیاری از آنها گزینه هایی با اهمیت ناشناخته هستند؛ تنها آنهایی که با درمان های ثابت و یا ارتباطات آزمایشی ارتباط دارند باید تصمیمات را هدایت کنند.